Das kannst du so aber nicht vergleichen:
1. Normalerweise verwendet man eine Festplatte auf der die Betriebssysteme installiert werden
2. Ist das nicht GRUB sondern OS Loader, der kann zwar auch "alles" booten, ist aber bei Puppy nicht vorinstalliert.
3. Bei Grub kannst du nicht so einfach über zwei Festplatten booten, da grub auf eine Platte installiert werden muss und vermutlich nicht erkennt sondern nur die auf der er selbst installiert ist. Dafür müsste dann die menu.lst angepasst werden, ist zwar an sich nicht so kompliziert aber man muss wissen was man tut. Ich denke das gleiche gillt auch für den OS Loader.
Wubi mag zwar funktionieren aber wenn man sich wirklich mit Linux auseinander setzen will würde ich es "normal" installieren, ansonsten ist das IMO wie in einer Zwangsjacke Ballett zu tanzen

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