ganz einfach:
du wolltest dein Programm tauglich für windows und linxu machen.
falls du eine stelle im Code hast, dass sich unterscheidet, schreibst du sowas:
#ifdef __linux__
    - code für
    - linux
#endif
#ifdef _win32
    - code für
    - windows
#endif
das sind einfach anweisungen für den Compiler.
Funktioniert natürlich auch mit Includes, falls eine z.b. nur bei linux existiert.
Hoffe du hast es jetzt ein bisschen besser verstanden 
