[digi]

Der Ablauf wäre in etwa so..

- Tsmuxer laden / Videostream extrahieren / Audiostream extrahieren
- Mkvtoolnix laden / entpacken / mmg.exe starten
- Videostream oben hinzufügen / Audiostream hinzufügen
- Streams anklicken (oben) und die Einstellungen (unten) vornehmen

Denke mal Dein Hauptaugenmerk liegt dann in Formatspezifische Optionen / Stereoskopie

Probier einfach mal, der wird beim Muxen schon meckern wenn Du was vergessen hast.
vtl. kannst Du den ersten Schritt weglassen und gleich die mkv importieren.. ob das geht und/oder gut ist, weiss ich nicht..

Kleiner Tipp: Man muss nicht alle Werte setzen, das meiste sucht er sich aus den Streams selber (Was evtl wichtig wäre ist der Delaywert der Audiostreams, falls vorhanden und Unter Datei-Optionen- Kopfdatenkomprimierung ausschalten. Evtl noch die FPS/Bilderzahl pro Sekunde (kann man mit Mediainfo aus Multimediadateien auslesen, wie Du ja schon weisst (siehe oben)