[gentleman-smart]

Machs wie du es mit echten CD´s machen würdest.

Richtig!
Während des Installationsvorgangs kommt der Unterbruch wegen zweiter CD/DVD. Hier bleibt das Hinweisfenster einfach auf und du gehts bei deinem virtuellen Laufwerk (zumindest ist da bei CloneDrive so, mit Sicherheit ähnlich bei Deamon auch so) auf "Auswerfen" und lädst die zweite ISO in dein virtuelles Laufwerk.
Ein paar Sekunden warten bis es geladen ist und dann bei dem ersten Hinweisfenster (es ist noch auf) einfach auf "OK" oder "Weiter" (je nach Programm) klicken.
Du könntest dir aber auch ein zweites virtuelles Laufwerk installieren und bei ISO's gleichzeitig laden. Funktioniert auch.