es ist zwar schon ne ganze weile her das du das problem mit dem mehrfach start von ac3filter hattest aber vielleicht hilft es dir (oder jemand anderem) ja doch noch.
bei mir wurde ac3filter sogar 3mal gleichzeitig geöffnet und das lag daran das MPC für jede tonspur einen eigenen ac3filter gestartet hat.
man kann in den optionen einstellen ob audio dateien automatisch geladen werden sollen.
ich hab da einfach das häkchen entfernt und beim nächsten start von MPC wurd nur noch ein ac3filter gestartet.