Mkvtoolnix ist, wie der Name schon vermuten lässt, für den MKV Container gedacht (Also um Streams darin zu verpacken, oder zu entpacken, oder Sachen darin zu ändern)
Also kannst das für Avi schonmal abhaken.
Desweiteren solltest Du mit z.B. "Mediainfo" ersteinmal herausfinden ob die voliegenden Untertitel überhaupt einzeln vorliegen oder ob die im Bild mit codiert wurden.
Wenn die im Bild mit codiert wurden, kannst versuchen die wegzufiltern, oder Du hast Glück und die sind am Rand. Dann kannst den Film neu croppen (zurechtschneiden).
Wenn die einzeln vorliegen gibts bestimmt ein Programm um die zu extrahieren. Versuch mal Subrip.
Oder such mal hier [
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