Das hat mit dem fertigen PDF nichts zu tun, sondern mit Deinen Einstellungen in InDesign. InDesign prüft anhand der von Dir angewendeten Druckvorgaben ob und wie Deine Datei ob als PDF oder sonstiges ausgegeben wird. Die Transparenzreduzierung sorgt bei niedrig eingestellten Werten für die Darstellung der Verläufe/Transparenzen als Klötzchen (Fehler) die dann im PDF erscheinen.
Lösung:
Stell bei den Druckvorgaben im Programm InDesign (Illustrator) in dem Reiter "Erweitert" für Dein Dokument den Wert der Transparenzreduzierung manuell auf 1200 ppi und setze den Haken bei "Abweichende Einstellungen auf Druckbögen ignorieren". Dann werden Verläufe soft auslaufend und Transparenzen korrekt dargestellt.
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