Vermutlich wird es durch den Trojaner und/oder die Säuberung den Master Boot Record (MBR) zerschossen haben...
Dass im BIOS die HDD ausgewählt ist, setze ich mal voraus.
Starte mit der XP DVD die Reparaturkonsole und gib folgenden Befehl am Prompt ein...
fixmbr
Sollte XP immer noch nicht starten, solltest du mal diese 3 Befehle über die Konsole ausführen
fixmbr
fixboot
bootcfg /rebuild
Edit: Ich lahme Ente...
Könnte auch sein, dass du neben der NTLDR auch erst noch die NTDETECT kopieren musst.