Also ich denke, da wird dir irgendein Codec bzw. Decoder fehlen. Vielleicht hat dir auch irgendein Update oder eine Installation irgendetwas Grundsätzliches verändert. Du könntest mal versuchen, deine MKVs mit "tsMuxer GUI" auf deine Projekte vorzubereiten. Da kannst du bei Output BD oder AVCHD wählen...
http://www.chip.de/downloads/tsMuxeR-GUI_42591287.html