Folgende Probleme:
- dein MKVMerge ist nicht aktuell, lade die 5.8.0.
- die Headerkompression ist noch an ! Schalte sie aus wie hier beschrieben.
- der Film ist gekürzt, hast du hier was verstellt ?

Da die Dateigrösse mit 5,29 GiB gleich geblieben ist,
stimmt aber wahrscheinlich was anderes nicht.
Gibt sich vllt mit Neuinstallation von 5.8.0.
Ausserdem haut was mit den Bitraten nicht hin:
- vor dem muxen eine Nominale Video-Bitrate von 15,0 Mbps bei 3 983 Kbps
- diese 15 wurden nach dem muxen als Video-Bitrate eingetragen und wahrscheinlich daraufhin der Film gekürzt
- 15,0 Mbps ist für einen 5,3 GiB-HD-Film von 2h 6min zu viel
Auch die Stream-Grössen haben sich verändert.
Sowohl vom Video als auch vom Audio.
Diese Parameter (Streamgrössen, Bitraten, Filmlänge) werden durch einfaches Umcontainern nicht verändert !
Was hast du sonst noch mit dem Video gemacht ?