Für Linux gibt es
PGP Whole Disk Encryption, um die Bootpartition zu verschlüsseln, aber ich weiss nicht, ob das die erste Wahl ist.
Siehe auch
http://en.wikipedia.org/wiki/Compari...rating_systems
Die Frage ist auch, ob du Daten zwischen beiden Systemen gleichzeitig nutzen willst.
Ich benutze z.B. Truecrypt und lasse die Bootpartitionen unverschlüsselt (geht meines Wissens mit TC unter Linux eh nicht). Verschlüsselt ist nur die gemeinsame Datenplatte und der Zugriff funktioniert von Windows und Linux aus bestens.