Mkvtoolnix wozu auch das Merge gehört (ein paar Beiträge vorher ist auch noch die Anleitung)
(
http://www.bunkus.org/videotools/mkv...s.html#windows )
Mkvtoolnix/Merge ändert am Codec NIX. Weder Audio noch Video. Das ist einfach ein Tool (Toolsammlung) um mit dem Matroska Container (mkv) zu arbeiten (verpacken, entpacken, etc.)
Denke mal eher das Dein Endgerät den Codec oder die Codieroptionen davon nicht frisst.
Schau mal mit Mediainfo was für Codecs verwendet werden und auf der Herstellerseite von Deinem Endgerät, was davon unterstützt wird/werden sollte.