Interessant dass noch niemand einen Speedtest empfohlen hat
Geh mal zu
www.wieistmeineip.de und mach da den Speedtest. Dann siehst du sofot ob deine Up- und Downloadgeschwindigkeit prinzipiell in Ordnung ist.
Aleternativ würde ich mal von einer Live CD booten (Knoppix oder so) und versuchen ob es da schneller geht. Auf die Weise könntest du Hardwarefehler eventuell ausschließen.
Die Idee mit dem Trojaner ist garnicht schlecht gewesen. Auch hier könnte man mal eines der bekannten Programme laufen lassen (z.B. Spybot).