Oder entferne von vornherrein unerwünschte Tonspuren.
Geht mit MKVMerge
http://www.chip.de/downloads/MKVToolnix_42094730.html
Qelldatei aussuchen, Haken raus bei nichtgewünschter Tonspur, muxen starten.
Die Originaldatei bleibt dabei unverändert. Es wird also ein neuer Kontainer erstellt. Kannst also nichts verkehrt machen, falls was schief läuft.