[Schmicky]

Wie ist eigentlich dein Mainboard?

Man kann ab Windows XP auf jeder Bootreihefolge installieren.
Selbst wenn 4 Festplatten intern sind, kannste auf der letzten das BS installieren, wo auf den andere 3 Festplatte andere Sachen sind.

Mir fällt noch dazu ein, wenn ein RAID System angelegt wurden ist, kann man auch nicht auf die zweite (mehrere) Festplatte(n) installieren.

Aber das dürfte damit nicht zusammen hängen.

Oder haste du die Option AHCI/RAID gewählt? Einige Mainboads haben beiden zusammen und andere separat.
Wenn es zusammen ist, kannts nicht installieren das zweite Betriebssystem.