Das speichern sollte eigentlich funktionieren ohne etwas umstellen zu müssen. Hast du dir den No$GBA von hier geladen?
http://mygully.com/thread/280-roms-i...-mehr-1958817/
Das ist eine spezielle Version bei der man den Savetyp in den Optionen auf Auto stellen kann. Es kann sein das der bei dir falsch eingestellt ist und der Emu deswegen nicht speichert.
Beim DeSmuME kann man ihn auf auf AutoDetect stellen. Das ist das selbe.
Kannst du sagen bei welchem Spiel genau bei dir nicht klappt? Von den Harvest Moon Spielen gibt es ja mehrere. Und hast du die aktuelle Version von den Emulatoren? Wen nicht solltest du dir die aktuelle runterladen.