Schau doch mal nach was für ein Videostream im Container ist, vllt. kannst Du den dann direkt neu verpacken. Ohne grossartig nochmal umzuwandeln.
Mediainfo (Zum Nachschauen):
http://sourceforge.net/projects/mediainfo/
Mkvtoolnix (zum "entpacken" der Streams):
http://www.bunkus.org/videotools/mkv...s.html#windows