Also die erzeugten Videos müssen schonmal Standardkonform sein. Also brauchst Du für den Encoder spezielle Settings/Optionen damit das dann hinterher auch vom StandAlonePlayer erkannt wird.
Das oft verwendete CRF 20 beim x264 Encoder ist da eher kontraproduktiv.
MKV ist nur eine Hülle die Sachen beinhaltet (Video,Audio,Subtitle,Kapitel). Nun müsstest Du das Video so Codieren (Codec) damit das Dein Player versteht. Was nützt die beste Sprache, wenn Dein Gegenüber das eh nicht versteht.
Also so Codieren das Dein Player das versteht. Als Codec wohl am besten h.264 (Codecoptionen siehe hier -> [
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Sonst kannst so ziemlich alles zum bearbeiten nehmen.
Bloss, je professioneller die Tools, umso Arbeitsintensiver ist das dann teilweise. Aber eben Professionellere Resultate bekommt man.
x264 und Avisynth sind z.B. solche Kandidaten mit sehr viel "Schreibkram" im Vorfeld.