Möglich ist es mit zwei Tools:
Mit
XMedia Recode kannst du eine Tonspur nicht nur umcodieren sondern auch eine Anpassung/Normalisierung der Lautstärke durchführen ohne Formatänderung.
Das Verfahren arbeitet ähnlich wie du es vielleicht von MP3-Dateien (MP3Gain) kennst.
Die so bereinigte Tonspur bindest du dann mittels
MKVToolNix GUI zusätzlich oder statt der Originaltonspur in die MKV-Datei ein.