Wenn du das Dokument genauso auslesen willst wie es der Browser darstellt bleibt dir nichts anderes übrig als clientseitige S*****s ablaufen zu lassen und erst dann den Dom-Tree zu holen.
Mittels Java kann ich dir hierfür 2 Möglichkeiten empfehlen.
http://www.seleniumhq.org/ wird z.B. für Automatentests verwendet um das UI von HTML-Seiten programmatisch zu testen. Ist jedoch nicht darauf beschränkt.
Spätestens seit Java 8 ist JavaFX auch tatsächlich in der Runtime angekommen, darin gibts einen eigenen Browser namens WebView, verwendet im Hintergrund denselben Renderer bzw. S*****engine wie Chrome. Mit diesem kannst du auch sobald die Webseite im Hintergrund fertig geladen wurde das aktuelle Dokument holen.