Windows XP hat bei der Installation die Eigenheit, bei mehr als einer sichtbaren Partition/ Platte, die Windows-Partition zur System-Partition und die andere zur Start-Partition zu machen! Das hat zur folge, dass Du weder die eine noch die andere formatieren kannst! Entfernst Du die Start-Partition/Platte, dann kann Windows auch nicht starten!
Deshalb mein Vorschlag Windows nur mit der angeschlossenen 500er Platte neu zu installieren!
Partitioniere die Platte so das ca. 50 GB für das System sind, den Rest der 500er lass erst mal 'unzugeordnet'. Damit wird Sichergestellt, dass die System- und die Start-Partition auf der selben Partition sind!
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