LaTeX? Ja super! Aber Umweg über Powerpoint? Also das würde ich lassen. Erstell deine Grafiken mit einem richtigen Programm für Vektorgrafiken, wie Inkscape oder Illustrator von Adobe.
Für die Literatur würde ich unter OS X BibDesk empfehlen. Unter Windows musst du dir was vergleichbares suchen.
http://bibdesk.sourceforge.net/
Sag mal, du weißt schon, dass du unter LaTeX in dein Code Notizen oder ganze Textpassagen einfügen kannst ohne das sie ihm Text erscheinen?
Einfach ein % Zeichen vor die jeweilige Passage setzen und schon wird es von LaTeX ignoriert. So habe ich es zumindest gehandhabt. Ich hatte dann bei der Gelegenheit auch gleich die Quelle mit \cite{Quelle} hinzugefügt. Wenn ich sie dann tatsächlich fertig hatte und auch verwenden wollte habe ich die % Zeichen entfernt und die Passage sowie die Referenz aktiviert.
Die direkte Verlinkung mit einem Kapitel ist meines Wissens nicht möglich.
Also wenn du dieses ominöse Tool wieder findest würde ich mich über eine Benachrichtung freuen. Kannst es ja dann einfach hier noch mal posten. Würde mich auch interessieren.