Hmmmm... ist schwer zu sagen aus der Ferne...
Kannst du überhaupt keine Archive entpacken oder geht es nur ums Entpacken mit dem JDownloader?
Ich weiß nun nicht, inwieweit du dich prinzipiell mit so etwas auskennst und du daher möglicherweise etwas Grundsätzliches falsch machst. Oder ob es vorher funktionierte und nun plötzlich nicht mehr. Hast du eventuell irgendetwas Neues installiert oder verändert. Sind die Downloads pro Part vollständig und sind alle Parts vorhanden.
Existiert der Zielordner, in den du entpackst?
Doppelklicke (bzw. Rechtklick und entpacken) möglichst die .rar Datei zum Entpacken und nicht irgendeine mittendrin...
Du könntest es zunächst mal testweise mit 7zip versuchen (das ist eine Freeware-Alternative zu WinRAR)...
http://www.chip.de/downloads/7-Zip-32-Bit_13004776.html
http://www.chip.de/downloads/7-Zip-64-Bit_38851222.html