Da sollte alles erhalten bleiben, da der jD ja nicht installiert wird, sondern aus dem Ordner raustartet. Ergo kann da auch nichts überschrieben oder gelöscht werden.
Allerdings würde ich den nicht auf der Systempartition belassen bzw ein Backup auf einem anderen Laufwerk erstellen. Falls beim Upgrade was schief geht und Du mußt doch formatieren, hast Du wenigstens eine Sicherung.
Ach ja, das gilt auch für alle anderen wichtigen Dateien.