1. Windows partitionierung Start-->ausführen-->diskmgmt.msc
Dann die Parts vom Stick löschen, und eine neue machen.
Wenn es mit der windows partitionierung nicht klappt, probiers mal mit gparted
http://www.chip.de/downloads/GParted..._26460627.html
das sollte funktionieren.
Einfach vorher daten auf dem stick sichern, beide partitionen löschen und eine neue erstellen. Gruß