http://de.wikipedia.org/wiki/Pcie
Die Schnittstelle ermöglicht eine höhere Bandbreite.
Ob diese von kommenden GKs genutzt/benötigt ist eher unwahrscheinlich.
Allerdings könnte es beim Wiederverkauf des Mobos eine Rolle spielen.
Wenn das Mobo in einer "Gen3" Variante angeboten wird sollte man zu diesem greifen.
z.b. Gen3:
http://gh.de/685157