Lüftersteuerung kann verschieden realisiert werden, in den meisten Fällen wird das Panel mit einem 4 Pin Molex (wie alte HDDs) angeschlossen und so mit Strom versorgt; das Panel hat dann (meistens) 3 polige Ausgänge für die Lüfter und via Regelelektronik die Lüfterdrehzahl steuern.
Eine direkte Schnittstelle kenne ich von keinem Mainboard, sicherlich gibt es aber Panels, die via USB auf Hardwaredaten (Temps und U/min) zugreifen können und die Lüfter steuern können. Günstiger und weit verbreitet sind Panels mit Temperaturfühlern.
z.B.:
http://www.caseking.de/shop/catalog/...er::14802.html