Erstmal lade dir die allerneuste Version 0.9.6 runter, falls du nicht extra die alte benutzt.

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Du kannst ganz normal im Spiel speichern wie bei einem originalen Spiel. Der Emulator erstellt dann Speicherdateien. Daneben gibts noch eine Speicherfunktion vom Emulator selber mit der du wann du willst speichern kannst unter:
File -> Save State
Dort kannst du dir dann einen Speicher slot aussuchen du kannst auch mehrere benutzen.
Unter File -> Load State kannst du die Speicherstände laden, oder du benutzt für beides die Tastenkombinationen die dabei stehen im Menü.