hm keine genau ahnung .. da wirst du mit den configs ein wenig rumspielen müssen.
im forum von pcsx2 hab ich das hier gefunden:
The flickering can be resolved either by using an NTSC version or even in the pal version:
1. Use GSDX 0.1.9,
2. Turn on Texture Filtering,
3. Change the Interlacing to Blendtff mode,
4. Turn on Native Resolution.
weiss aber nicht ob das hilft.. vielleicht solltest du erstmal schritt 2-4 testen und wenn dann auch nicht klappt schritt 1 ..
oder ganz anders
... einfach mal bissl probieren