Hast du JDownloader oder JDownloader 2 geladen?
Und ja der braucht Java, aber einmal installiert sollte das ja kein Problem sein.
Und ein Trojaner ist da mit Sicherheit auch nicht dabei, wenn du es von Chip lädtst. Einfach nur am Anfang der Installation die Adware abwählen, damit diese nicht mit installiert wird.
Ansonsten:
Alternativen zum JDownloader