Da kommt dir wahrscheinlich
Grub in die Quere. Ich würde mit einer Linux Live Distri booten, z. B. Knoppix, Ubuntu, Linux Mint oder was auch immer. Die eignen sich alle dafür. Und dann mit
gparted alle Partitionen löschen. Ach ja, das ist das tolle an Linux. Du kannst gparted auch gleich als
Live-CD starten und dir die Partitionen entsprechend für Windows vorbereiten.