In dieser Situation würde ich sagen, du solltest Dir mal eine Notfall- oder Rescue-CD von einem der großen Antivirenhersteller runterladen, um Deinen Rechner Offline zu scannen! Aber das hat sich ja erledigt!
Und da die Probleme, so wie ich es sehe, immer schlimmer werden, rate ich Dir zu einer Neuinstallation des Systems! Du wirst den Normalzustand nicht anders herstellen können!
Wenn Du alle wichtigen Programme und Treiber auf der Festplatte liegen hast, dann ist das auch kein Problem, ca. 3-4 Stunden zu investieren!