Das erste Problem, was erklärt warum manche .mkv's laufen und manche nicht ist, da es sich bei den .mkv um ein Container, der eine Menge Video Formate enthalten kann und nicht um ein Video Codec handelt...
Eine Möglichkeit wäre, so mache ich das auch, wenn ich meine Blurays auf der Playstation anschauen möchte, einfach den .mkv Container in einen anderen Container zu "muxen".
Am Besten mit diesem kleinen Programm hier:
http://www.chip.de/downloads/MKVToolnix_42094730.html
Hiermit wird praktisch der .mkv Container aufgelöst, die Bild - und Tondateien zusammengefügt und in einem anderen Container gespeichert.
Das Gute daran ist, dass es keine lästige Renderzeit gibt, es dauert natürlich etwas, aber wie gesagt werden hier nicht die Dateien verändert, sondern sie werden lediglich in einen neuen Container gepackt, welcher dein Fernseher dann hoffentlich erkennen wird.
Einfach mal ausprobieren.
LG