Wirklich nativ für Linux gibts z.B.
Qucs allerdings ist das eher noch Beta.
Außerdem könnte sich ein Blick in den Electronic Lab Spin von Fedora lohnen.
http://spins.fedoraproject.org/fel/#portfolio
Ansonsten wäre da noch SPICE oder LtSPICE, das sind aber Windows anwendungen, letzteres läuft aber ganz gut mit Wine.