Schau Dir mal die fertigen mkv's mit MKVmerge GUI an (ist Teil des Pakets MKVToolnix, kannst Du überall runterladen). Das Programm zeiugt Dir an, ob Du beim Rippen auch die Kapitelangaben mitgerippt hast. Falls nicht (was ich vermute), dann kannst Du sie mit MKVmerge GUI im Reiter 'Kapiteleditor' erstellen.
Ich meine, dass MKVmerge auch mkv-Dateien zjusammenfügen kann, indem man alle einzelnen Dateien unter 'Quelldateien' einfügt und dann das Ganze muxt.
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