[Quercus77]

Hallo an alle Interessierten,

bin grad dabei eine Arbeit zu schreiben und bin bisschen an einem Gedankenaustausch interessiert. Thema ist die DNA Extraktion aus Holz zur Bestimmung von Arten und Herkünfte. Meine Frage bzw. Anregung geht dahin, dass ich überlege wie wahrscheinlich es ist Chloroplasten DNA im Holz zu finden. Es gibt einige paper die gelesen habe wo es möglich ist das Chloroplasten im Holz vorkommen können, nur wird nie eine genaue Menge genannt usw. Ich nutze einen Primer der theoretisch an der Chloroplasten DNA bindet. Dieser amplifiziert auch ein Fragment was auch zur erwarteten Bandengröße passt nur bin ich mir nicht sicher ob es auch wirklich DNA aus Chloroplasten(cp) ist und nicht aus dem Kern(n) z.B. Es wurde schon vielmals beschrieben das einige Gene von der cpDNA auf die nDNA ausgelagert wurden. Ebenso verwirrt mich das ich mit meinem Extraktionskit genomische DNA extrahiere jedoch die Art und Weise ich nenne es mal zu brutal ist um die cpDNA mit zu extrahieren.

Über ein paar Ideen und Bemerkungen würde ich mich freuen

Grüße Quercus

[blackdragoo]

Schafft dein Extraktionkit die Chloroplasten nicht zu lysieren oder zerstört es die Chloroplasten-DNA? Welche Ausgangsprobe hast du, sprich welche Zellen? Wenn du gezielt das Chloroplastengenom suchst, wäre eine Fraktion mit der Zentrifuge angebracht, so kannst du in jeder Fraktion nach deinem Marker absuchen und hast nicht die Vermischung von chromosomaler DNA und Chlorplasten-DNA.

[Quercus77]

Also mein Ausgangsmaterial ist zermahlenes Holzpulver. Hab das schon über den Stammquerschnitt getestet und da überall, also von Kern bis Borke was gefunden, sprich ich bekomme ja eine Bande bzw. eine deutliche Kurve über der Negativkontrolle in der qPCR. Also das Kit sollte die Chloroplasten schon mit extrahieren, nur besteht die Frage ob nun tatsächlich Chloroplasten im Holz drin sind, oder der verwendete Bereich nicht auf der cpDNA liegt sondern ausgelagert wurde und sich nun auf dem kern Genom, als der genomischen DNA wieder zu finden ist. Mir geht es gar nicht so direkt darum jetzt cpDNA zu bekommen, eher erst mal darum zu verstehen was denn mögliches in meiner lysierten Probe vorliegt.

Danke für schnelle Antwort

[blackdragoo]

Also ich bin mit den Holzzellorganellen nicht sehr vertraut, aber im allgemeinen würde ich annehmen, dass diese keine Chloroplasten enthalten sondern andere Plastide. Im zermahlenem Holzpulver werden vermutlich alle Membransysteme lysiert sein und so mit alles vermischt. Eine Affinitätschromatografie könnte vielleicht helfen die DNA zu trennen.