Wenn du ne 3,5" HDD in der Box haben willst, dann müsstest du das Laufwerk rauswerfen, sonst passt das nicht. Die HDD kann dann an der Stelle des Laufwerks eingebaut werden. Die Datenverbindung kann über S-ATA laufen. Dazu müsste ein normales S-ATA Kabel an den HDD Connector des Boards angelötet werden. Das geht, hab ich auch schon gesehen.
12V zur Stromversorgung kann man ganz easy am Power Connector des 360 Mobo's abzwacken. Und schon rennt die Scheiße