Du kannst dir bedenkenlos eine dieser USB 3.0 Karten, mit PCIe x1 oder PCIe x4 kaufen,
und in den schwarzen PCIe x16 Slot stecken.
Die Karte wird dort im vollen Umfang richtig erkannt und angesteuert.

PCIe x16 ist zu PCIe x8 bis x1, abwärtskompatibel.
Mal ganz davon abgesehen, dass der schwarze PCIe x16 Slot, sowieso nur 4 oder 8 Lanes haben dürfte.
Lanes:
[IMG]http://*******.pcgameshardware.de/attachments/272928d1285775321-mit-ati-und-nvidia-zusammen-physx-nutzen-anleitung-update-pci-e_adj.png[/IMG]