Joa, also Du kannst auch mit den DOS-Befehlen eine Platte formatieren - nur nicht aus Windows heraus im laufenden Betrieb. Dazu müsstest Du dann schon reines MS-DOS (ohne Windows) booten

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Ansonsten brauchst Du Dir wegen dem Formatieren keine Gedanken machen - egal ob von DOS bzw. über die Windows CD/DVD - wenn Du die Schnellformatierung ausgewählt hast, wird in der Regel nur die Dateizuordnungstabelle überschrieben, was nun mal etwas schneller geht als eine "normale" Formatierung. Der Vorteil der "normalen" Formatierung ist lediglich, dass gleichzeitig die Festplatte auf Inkonsistenz überprüft wird, so dass schlechte Sektoren/Bereiche erst gar nicht vom Betriebssystem genutzt werden. Eine Platte, die aber derartige Strukturen aufweist, gehört aber bereits ausgemustert, weil unzuverlässig und kurz vor dem sterben.
Dein Trojaner sollte auch mit der Schnellformatierung geputzt worden sein.
Das mit der seltsamen Laufwerksgröße kann auch an dem Marketing des Festplatten-Herstellers liegen. Diese geben oftmals die Laufwerksgröße in absolut nutzbarem Speicher an. Das bedeutet aber, dass Du diesen Speicher nicht wirklich bis zum letzten Bit ausnutzen kannst, weil aufgrund der Dateiverwaltung (Dateisystem) bereits Speicherplatz draufgeht. Zum anderen kann Dir auch die Zählweise noch einen Strich durch die Rechnung machen - 1 Kilobyte sind eben nicht 1000 Byte sondern 1024 Byte

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Meine Systemfestplatte (die in mehrere Partitionen aufgeteilt ist) ist auch nur mit 465,6 GB nutzbar (von angegebenen 500 GB).
Angesprochen wurde hier auch der Volumenschattenkopie-Dienst - hierfür kann natürlich auch noch Platz draufgehen.