[BatemanP.]

Am Schnellsten geht es mit ffmpeg. Damit musst du die Tonspur nicht erst per Hand demuxxen und wieder muxxen.

Transcodiert alle Tonspuren:

ffmpeg.exe -i videomitDTS.mkv -map 0 -c:v copy -c:s copy -c:a eac3 -b:a 768k videomitEAC3.mkv

-i videomitDTS.mkv - wählt Eingabedatei
-map 0 - wählt alle Streams
-c:v copy :Videostream übernehmen
-c:s copy :Untertitel übernehmen
-c:a eac3 :Audiocodec EAC3; alternativ AC3
-b:a 768k :Audiobitrate

Wenn du nur bestimmte Tonspuren transcodieren möchtest:
-map 0:a:0 wählt die erste Tonspur aus. -c:a:1 copy, zweite Tonspur wird übernommen.

Ansonsten würde ich dir AVIDEMUX portable empfehlen. Das Öffnen/Indexen dauert natürlich etwas, dann kannst du unter Audio->select Tracks die Tonspuren und den Codec etc. wählen.