Wenn die einfach nur gesplittet sind, also identische Auflösung sowie identischen Audio-,Video- und Containerformat (z.B. AC3, H264, mkv) haben, geht das ganz easy mit der Freeware "mkvtoolnix"... einfach der Reihe nach hineinziehen und dann kommt schon die Frage, was damit zu machen sei (an bestehende Datei anhängen). Dann unten auf "Multipexen starten" und das ist unter einer Minute gegessen.
Ich habe das vor ein paar Tagen erst mit dem MTZ-Release vom neuen Bond gemacht. Der war ca. alle 45 min um jeweils ca. 2 Sekunden mehr asynchron. 3 Schnitte gemacht (xmediarecode), die Abschnitte synchron gemacht (auch mkvtoolnix) und dann wieder zusammengefügt. An den Schnittstellen sind natürlich kleine Sprünge, aber herrje... bei der Qualität schadet das auch nichts mehr...