Isomedia-Container befassen sich anscheinend nicht mit interlaced und field orders.
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Das sind wohl Encoderangelegenheiten, der muss dafür sorgen, dass das richtig signalisiert wird. Es ist mir auch kein Tool bekannt, was das am Videobitstream ändert.
Wenn das Video interlaced ist, aber nach aussen progressiv signalisiert, müsste der Decoder statt einem frame interlaced einen Frame progressiv abspielen, die Geschwindigkeit vom Film wird verdoppelt. Wenn das bei dir nicht der Fall ist, weiss der Decoder Bescheid. Du kannst bei Handbrake ja auch direkt angeben, wie x264 arbeiten soll.
:tff :bff
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PS: statt ein Interlaced-Flag zu ändern, könntest du einfach die Framerate halbieren. Avisynth dürfte das egal sein.