Wird in diesem Fall wirklich die bessere Variante sein. Alles andere bringt hier nix. Programme kannst du zwar aus dem Verzeichnis bspw. C:\Programme auf die externe Festplatte sichern, allerdings nützt dir das in den seltensten Fällen was weiter. Die Daten sind zwar nach wie vor auf der Festplatte, aber wenn du neu aufgesetzt hast wirst du die Programme in der Regel nicht nutzen können.
Daher sind die Bordmittel auf jeden Fall eine gute Lösung.
Willst du dein System selbst neu aufsetzen? Dann achte aber auf die Feinheiten. Bei dieser Gelegenheit solltest du (falls noch nicht geschehen, da gehe ich einfach von aus) deine Festplatte partitionieren, sprich aufteilen. Zumindest in C: für System und Programme und meinetwegen D: für Daten, eigene Dateien, etc. Gibt zahlreiche bebilderte Anleitungen dazu. Einfach mal nach googeln.
HTH
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