Vielleicht habe ich nun die Lösung gefunden.
"Falls man mehrere Festplatten im Rechner hat, sollte man übrigens auf den weiteren Festplatten nur erweiterte DOS-Partitionen anlegen. Legt man dort nämlich primäre Partitionen ein, drängen die sich bei der Vergabe von Laufwerksbuchstaben nach vorne - das frühere Laufwerk D: in der erweiterten Partition der 1. Festplatte wird plötzlich zum Laufwerk E:, weil die primäre Partition des 2. Laufwerks unbedingt zu D: werden will. "
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Ich nehme an, dass beim einlesen und der Vergabe der Laufwerksbuchstaben, dann einfach mal die Partition von der externen Platte rausgeschmissen wurde.