Du kannst auch iOS 3.1.3 manuell laden und dann per Wiederherstellung installieren.
Dazu beim Klick auf den iTunes Button "Wiederherstellen" die Umschalt Taste gedrückt halten (unter Windows).
Beim Mac "alt" Taste verwenden.
iTunes wird dir aber bei der "normalen" Wiederherstellung das neueste iOS (in diesem Fall iOS 3.1.3) automatisch installieren.