Wenn du sowas willst kannst du nur manuell Synchronisieren. Eine automatische Auswahl bzw. Vordefinition was man synchronisiert haben möchte oder nicht hab ich noch nicht gefunden, bzw. dürfte nicht funktionieren oder war in iTunes nicht vorgesehen (Wär ne gute Anmerkung für Apple als Verbesserungsvorschlag für das neue iTunes, dass irgendwann mal kommt
). Entweder du synchronisierst Manuell oder du lässt es.
Andere Option ist nur noch die Apps die in dem iTunes Ordner sind zu sichern und dann aus iTunes zu entfernen. Somit aus dem iTunes aus dem Sinn.