Naja, sollte schon gehen.
Dazu benötigst du eine Fat32 Partition auf der Platte, dort erstellt du die gleiche Ordnerstuktur wie auf der SD.
Ab in den HBC, die 1 drücken und auf USB umstellen.
So sollte es gehen die Emu´s + roms von HDD zu starten.
Gerade mit snes9xgx und Super Mario All Stars getestet.