Virtual Dub sollte das schon können. Vl brauchst du die etwas modifizierte Version VirtualDubMod. (findest du unter Downloads bei unten angefügten Link oder einach mal bei Google suchen).
Zur Vorgehensweise: Du solltest zuerst bei einem File die Tonspur extrahieren und diese dann beim Anderen hinzufügen.
Details wie das genau abläuft solltest du hier finden.
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