Wenn du auf Werkseinstellungen zurücksetzt ist weiterhin noch Clockwork drauf und der Root. Höchstens verschwinden dann deine GApps
Du müsstest einen vollständigen Reset machen bzw. die Originale ROM draufspielen, dann geht auch automatisch der Root verloren (bei mir Nexus 4 so) und dann den Bootloader auch wieder sperren. Also praktisch alles was du auf dem Weg zur ROM gemacht hast wieder umdrehen.