Ich nutze für so etwas xMediaRecode. Da gibt es viele Voreinstellungen (unter anderem auch für iPad). Normalerweise sind da zwar die Ergebnisse nicht ganz so prall, aber für ein iPad reicht das allemal...
Sei es drum... als Audio-Codec solltest du AAC bei 128 kbit nehmen und als Video-Codec H.264 (wird auch oft x264 genannt). Bei Video muss es irgendwo eine Einstellung für "Konstante Quantisierung" (wird normal "crf" genannt) geben. Je höher der Wert desto geringer die Mindestqualität. Die Standard Scene-Rips nehmen in der Regel CRF19, aber für ein iPad sollte wahrscheinlich irgendetwas zwischen 25-28 reichen... Kommt natürlich auch etwas auf das Ausgangsmaterial an. Ich habe eben eine Hannibal-Folge (mkv, ca. 41 Min, ca. 200 MB) in xMediaRecode mit CRF28 auf 96 MB geschrumpft. Ob die Quali ausreichend für ein iPad ist, müssen andere entscheiden...
P.S. Wenn deine MKVs schon im H.264 Codec sind, könntest du auch das Videomaterial kopieren und nur den Ton von vermutlich AC3 auf AAC konvertieren. Das geht nämlich deutlich schneller; macht aber die Datei nicht wesentlich kleiner.
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